Nata a Faenza nel 1860 da una famiglia di umili origini e misere condizioni economiche, Maria Babacci si iscrisse nel 1881 alla Facoltà di medicina dell’Università di Bologna, dove si laureò nel 1887 presentando una tesi su Diagnosi e trattamento chirurgico dei tumori solidi della mammella nella donna con voto 96/110.
Si occupò, oltre che di argomenti medici correlati alla salute femminile, anche della tutela della salute infantile: fu infatti membro della commissione sanitaria dell’asilo infantile Margherita di Faenza.