Nata in provincia di Bergamo, si laurea in fisica presso l’Università statale di Milano nel 1938. La sua tesi sul “modello vettoriale dell’atomo” viene pubblicata nel 1939 su «Il nuovo Cimento». È allieva di Gino Bozza, ordinario di fisica tecnica. Dapprima assistente volontaria (dal 1939) alla cattedra di fisica tecnica dell’università, divenne in seguito docente di ruolo. Sempre presso la statale, la Bonaguri viene incaricata dell’insegnamento di Disegno con elementi di macchine (1947-1952) e di Impianti chimici (1953-1961). Nel 1962 passa al Politecnico, dove è assistente di ruolo della stessa materia.